Louis ngã bệnh sau mùa Giáng sinh năm 1259 và qua đời ngay sau Tết trong khi mới ở tuổi mười lăm, một tháng trước sinh nhật thứ mười sáu của cậu. Nhà thần học Vincent of Beauvais đã viết một thư văn bản an ủi cho nhà vua Louis IX, được coi là niềm an ủi truyền thống của Kitô giáo và là một trong những kiệt tác thuộc thể loại đó. Em trai của Louis, Philip đã kế vị cha của họ vào năm 1270 với vương hiệu Philip III.

Louis được chôn cất tại Tu viện Royaumont. Ông không được chôn cất trong hầm mộ hoàng gia ở Saint-Denis, bởi vì một sắc lệnh của Louis IX dành riêng mật mã này cho những người đứng đầu. Tuy nhiên, về sau này thi hài của Louis đã được chuyển đến đó vào năm 1817.